Suharto dan rakan-rakannya segera menyalahkan PKI sebagai dalang Gerakan 30 September. Dengan sokongan Angkatan Tentera dan penyebaran cerita 'Lubang Buaya', demonstrasi anti-PKI dan keganasan tercetus. Rakyat mengganas bermula di Aceh, ke Jawa Tengah dan Jawa Timur.Suharto kemudian menghantar pasukan payung RPKAD di bawah Kol Sarwo Edhie ke Jawa Tengah. Apabila mereka tiba di Semarang , penduduk tempatan sedang membakar ibu pejabat PKI. Tentera turut membunuh komunis yang disyaki. Di Jawa Timur, sayap pemuda Nahdlatul Ulama sedang menggila membunuh dan sembelih dan merebak ke Bali . Anggaran antara 78000 hingga satu juta dibunuh. DN Aidit yang telah ditawan oleh Angkatan Tentera pada 25 November telah dibunuh selepas itu.